Полагаю, что этот вопрос должен быть урегулирован непосредственно в условиях контракта. Это может быть несколько счетов-фактур по факту каждой поставки, может быть какая то средняя цена, средневзвешенная цена и иные варианты. Законодатель это не устанавливает, определение условий должно быть осуществлено в большей степени  заказчиком.